MiR-15b-5p Promotes Growth and Metastasis of Renal Clear Cell Carcinoma / MiR-15b-5p Promueve el Crecimiento y la Metástasis del Carcinoma Renal de Células Claras

SUMMARY: We investigated the expression and clinical significance of miR-15b-5p in clear cell renal cell carcinoma (RCC) through bioinformatics analysis and experimental verification. The differentially expressed miRNAs were screened in the GEO database. Venn diagram showed that there were 5 up-regulated miRNAs (has-miR-210, has-miR-142-3p, has-miR-142-5p, has-miR-15b-5p, and has-miR-193a-3p) and only 1 down-regulated miRNA (has-miR-532-3p) that were commonly expressed between GSE189331 and GSE16441 datasets. This was further confirmed in TCGA. Further analysis showed that the has-miR-193a-3p, has-miR-142-3p, has- miR-142-5p, and has-miR-15b-5p were closely related to tumor invasion, distant metastasis and survival probability. The expression of miR-15b-5p in ccRCC tissues was significantly higher than that in adjacent normal kidney tissues (P0.05). Following inhibition of miR-15b-5p expression, RCC cells had attenuated proliferation, increased apoptosis, and attenuated migration and invasion. has-miR-15b-5p-WEE1, has-miR-15b-5p-EIF4E, has-miR-15b-5p-PPP2R1B may be three potential regulatory pathways in ccRCC. miR-15b-5p is highly expressed in cancer tissues of ccRCC patients. It may promote proliferation, inhibit apoptosis and enhance cell migration and invasion of RCC cells. The has-miR-15b-5p-WEE1, has-miR-15b-5p-EIF4E, and has-miR-15b-5p-PPP2R1B may be three potential regulatory pathways in ccRCC.

Investigamos la expresión y la importancia clínica de miR-15b-5p en el carcinoma de células renales (CCR) de células claras mediante análisis bioinformático y verificación experimental. Los miARN expresados diferencialmente se examinaron en la base de datos GEO. El diagrama de Venn mostró que había 5 miARN regulados positivamente (has-miR-210, has-miR-142-3p, has-miR-142-5p, has-miR-15b-5p y has-miR-193a-3p). ) y solo 1 miARN regulado negativamente (has-miR-532-3p) que se expresaron comúnmente entre los conjuntos de datos GSE189331 y GSE16441. Esto fue confirmado aún más en TCGA. Un análisis más detallado mostró que has-miR-193a-3p, has-miR-142-3p, has- miR-142-5p y has-miR-15b-5p estaban estrechamente relacionados con la invasión tumoral, la metástasis a distancia y la probabilidad de supervivencia. La expresión de miR-15b-5p en tejidos ccRCC fue significativamente mayor que la de los tejidos renales normales adyacentes (P 0,05). Tras la inhibición de la expresión de miR-15b-5p, las células RCC tuvieron una proliferación atenuada, un aumento de la apoptosis y una migración e invasión atenuadas. has-miR-15b-5p-WEE1, has- miR-15b-5p-EIF4E, has-miR-15b-5p-PPP2R1B pueden ser tres posibles vías reguladoras en ccRCC. miR-15b-5p se expresa altamente en tejidos cancerosos de pacientes con ccRCC. Puede promover la proliferación, inhibir la apoptosis y mejorar la migración celular y la invasión de células RCC. has-miR-15b-5p-WEE1, has- miR-15b-5p-EIF4E y has-miR-15b-5p-PPP2R1B pueden ser tres posibles vías reguladoras en ccRCC.

Molecular detection of SARS-CoV-2 in Argentina: Evaluation of alternative diagnostic tools for the decentralization of the diagnosis

Abstract The rocketing number of COVID-19 cases highlighted the critical role that diagnostic tests play in medical and public health decision-making to contain and mitigate the SARS-CoV-2 pandemic. This study reports the evaluation and implementation of different tests for the molecular detection of SARS-CoV-2 in the central region of Argentina. We evaluated 3 real time RT-PCR kits (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection Kit and WGene SARS-CoV-2 RT Detection), 2 nucleic acid extraction methods [MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II (BioFlux), 35-min vs. 9-min, a pre-analytical reagent (FlashPrep®) and 2 isothermal amplification tests (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). The order according to the best performance of the 3 real-time RT-PCR kits evaluated was: DisCoVery > GeneFinderTM> WGene. The 2 RNA extraction methods showed similar good results: MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min was selected due to its faster performance. FlashPrep® reagent showed excellent results to perform direct RNA detection. Isothermal amplification assays showed acceptable sensitivity and specificity values (>80%), except in samples with Ct> 30. Our data show optimal real time RT-PCR kits and alternative molecular methods for SARS-CoV-2 diagnostic. These alternative assays proved to be aceptable.

Resumen La explosión de casos de COVID-19 resaltó el papel fundamental que desempeñan las pruebas de diagnóstico en la toma de decisiones médicas y de salud pública para contener y mitigar la pandemia de SARS-CoV-2. Este estudio reporta la evaluación y la implementación de diferentes test para la detección molecular de SARS-CoV-2 en la región central de Argentina. Evaluamos tres kits de RT-PCR en tiempo real (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection Kit y WGene SARS-CoV-2 RT Detection), dos métodos de extracción de ácidos nucleicos (MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II [BioFlux, 35-min vs. 9-min), un reactivo pre-analítico (FlashPrep®) y dos test de amplificación isotérmica (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). El orden de rendimiento de los tres kits de RT-PCR en tiempo real evaluados fue el siguiente: DisCoVery GeneFinder™ WGene. Los dos métodos de extracción de RNA mostraron buenos y similares resultados; se seleccionó MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min debido a su rápido tiempo de procesamiento. El reactivo FlashPrep® mostró excelentes resultados para realizar detección directa de RNA. Los ensayos de amplificación isotérmica mostraron valores de sensibilidad y de especificidad aceptables (80%), excepto en muestras con Ct 30. Nuestros resultados muestran kits de RT-PCR en tiempo real óptimos, como así también métodos moleculares alternativos para el diagnóstico de SARS-CoV-2 que resultan aceptables para su uso en contextos adversos, de descentralización y en diferentes escenarios epidemiológicos, para la detección rápida y precisa del SARS-CoV-2.

Optimización del control interno de calidad de RT-PCR en tiempo real para detección cualitativa de SARS-CoV-2

Objetivo: Optimizar el control interno de calidad de RT-PCR en tiempo real para detección cualitativa de SARS-CoV-2, utilizando los valores Cq de controles negativos y positivos. Material y método: Estudio prospectivo-longitudinal. La muestra estuvo constituida por 143 valores Cq para los controles negativos de alicuotado y extracción, así como para el control positivo. Se analizó la distribución normal de los valores Cq mediante la prueba de Anderson-Darling (AD) y se aplicaron pruebas de aleatoriedad. Se calculó límites de control a partir de 51 valores Cq, para luego, mediante gráficas de control, monitorizar 92 valores Cq obtenidos desde noviembre del 2020 hasta marzo del 2021. Se evaluó aceptación de lote e índices Cpk como indicadores de optimización. Los cálculos se hicieron con el programa Minitab. Resultados: Se aceptaron los lotes de valores Cq y se obtuvieron índices Cpk superiores a 1.33 para los tres tipos de control. Discusión: No existen estudios publicados que apliquen control estadístico de calidad a la detección cualitativa de SARS-CoV-2. Conclusiones: Es posible utilizar los valores Cq de los controles para optimizar el control interno de calidad de RT-PCR en tiempo real para detección cualitativa de SARS-CoV-2, como si se tratara de una técnica de tipo cuantitativo.

Objective: To optimize the internal quality control of real-time RT-PCR for the qualitative detection of SARS-CoV-2, using the Cq values ​​of negative and positive controls. Material and method : Prospective-longitudinal study. The sample consisted of 143 Cq values for the negative aliquot and extraction controls, as well as for the positive control. The normal distribution of Cq values ​​was analyzed using the Anderson-Darling (AD) test and randomness tests were applied. Control limits were calculated from 51 Cq values, and then, using control charts, to monitor 92 Cq values ​​obtained from November 2020 to March 2021. Lot acceptance and Cpk indices were evaluated as optimization indicators. The calculations were made with the Minitab program. Results: The batches of Cq values ​​were accepted and Cpk indices higher than 1.33 were obtained for the three types of control. Discussion : There are no published studies that apply statistical quality control to the qualitative detection of SARS-CoV-2. Conclusions : It is possible to use the Cq values ​​of the controls to optimize the internal quality control of real-time RT-PCR for qualitative detection of SARS-CoV-2, as if it were a quantitative technique.

Diagnóstico molecular del SARS-CoV-2 en los Laboratorios LIORAD-AICA+: experiencia de un año de trabajo / Molecular diagnosis of SARS-CoV-2 at LIORAD-AICA+ laboratories, a one-year work experience

Introducción: El aumento de los casos de COVID-19 en Cuba requirió el desarrollo de nuevas capacidades para el diagnóstico molecular de la infección. En la Unidad Empresarial de Base Laboratorios LIORAD-AICA+, de La Habana, se estableció un Laboratorio de Biología Molecular para el diagnóstico molecular de la enfermedad. Objetivo: Analizar la experiencia de un año de trabajo, en el diagnóstico molecular de la COVID-19, del Laboratorio de Biología Molecular de la UEB LIORAD. Métodos: Para iniciar el diagnóstico molecular del SARS-CoV-2 en la UEB Laboratorios LIORAD se llevó a cabo un conjunto de acciones que estuvieron dirigidas a la evaluación de los riesgos, establecimiento de las áreas y el flujo de trabajo, y formación de equipos de trabajo. El personal se capacitó, se modificaron y elaboraron procedimientos e instructivas. Resultados: La evaluación de los riesgos permitió detectar un conjunto de riesgos asociados a la actividad de diagnóstico y se establecieron las medidas para mitigarlos. El personal del laboratorio recibió un total de 23 capacitaciones, se elaboró un total de ocho procedimientos e instructivas y dos registros. El laboratorio procesó en un año un total de 125 154 muestras. Conclusiones: Durante el año de trabajo el Laboratorio de Biología Molecular de la UEB LIORAD se realizó el diagnóstico certero de la enfermedad. Esto evidencia la importancia de la capacitación del personal y el cumplimiento de las buenas prácticas y medidas de bioseguridad en el trabajo con muestras potencialmente infecciosas(AU)

Introduction: The increase in the number of cases of COVID-19 in Cuba demanded of new capacities for the molecular diagnosis of the infection. A Laboratory of Molecular Biology for the molecular diagnosis of this disease was installed at the Base Business Unit LIORAD-AICA+ Laboratories in Havana. Objective: To analyze a one-year work experience in the molecular diagnosis of COVID-19 at the Laboratory of Molecular Biology, LIORAD-AICA+. Methods: To begin with the molecular diagnosis of SARS-CoV-2 at LIORAD-AICA+, a group of actions were carried out aimed at evaluating the risks, establishing the working areas and flow, and training the work team. Personnel were trained, and procedures and guidelines were drawn up and modified. Results: Risk assessment allowed identifying several risks associated with the diagnostic activity, and measures were established to mitigate them. The laboratory personnel received 23 training sessions; and eight procedures and guidelines, and two registers were drawn up. The laboratory processed a total of 125 154 samples in a year. Conclusions: During the work year, the accurate diagnosis of the disease was conducted at the Laboratory of Molecular Biology, LIORAD-AICA+. This evidences the importance of personnel training and the compliance with good practices and biosafety measures when working with potentially infectious samples(AU)

Estudio del desempeño de dos métodos de detección de antígenos rápidos en hisopados combinados y en hisopados nasofaríngeos para la detección de SARS-CoV-2 / Performance study of two rapid antigen detection methods in combined swabs and nasopharyngeal swabs for detection of SARS-CoV-2

Resumen Se realizó una comparación del desempeño de los métodos rápidos de detección de antígenos para el diagnóstico de SARS-CoV-2 Veritor System de Becton Dickinson y Panbio de Abbott versus una reacción en cadena de la polimerasa con retrotranscripción en tiempo real (RT-PCR) de Roche en un triage de demanda espontánea de pacientes febriles de un hospital público, para la detección de COVID-19. Se procesaron 36 hisopados de pacientes sospechosos por los tres métodos. La concordancia entre ambos métodos con la RT-PCR fue del 97%. La sensibilidad de los métodos de detección de antígenos versus la RT-PCR fue del 83% y la especificidad fue del 100%. El valor predictivo positivo (VPP) fue del 100% y el valor predictivo negativo (VPN) fue del 97%. La muestra que resultó discordante presentó un ciclo umbral (Ct) de 29,8. El método para detección de antígenos tuvo un desempeño aceptable, incluso con resultados de sensibilidad mayores que los declarados por los fabricantes (84% para el Veritor System y 93,3% para el Panbio).

Abstract A comparison of the performance of the rapid antigen detection methods for the diagnosis of SARS-CoV-2 Veritor System from Becton Dickinson and Panbio from Abbott versus a real-time polymerase chain reaction with reverse transcription (RT-PCR) Roche in a spontaneous demand triage of febrile patients of a public hospital was made, for the detection of COVID-19. Thirty six swabs from suspected patients were processed by the three methods. The concordance between both methods with RT-PCR real time was 97%. The sensitivity of the antigen detection methods versus RT-PCR real time was 83% and specificity was 100%. The positive predictive value (PPV) was 100% and the negative predictive value (NPV) was 97%. The sample that was discordant presented a threshold point (Ct) of 29.8. The method for antigen detection resulted in an acceptable performance, even with S results higher than those declared by the manufacturers (84% for the Veritor System and 93.3% for the Panbio).

Resumo Uma comparação do desempenho dos métodos rápidos de detecção de antígenos para o diagnóstico deSARS-CoV-2 Veritor System de Becton Dickinson e Panbio de Abbott versus uma reação em cadeia da polimerasecom transcrição reversa em tempo real (RT-PCR) da Roche em uma triagem de demanda espontâneade pacientes febris de um hospital público, para a detecção de COVID-19. Foram processadas 36 amostrasde esfregaços de pacientes suspeitos pelos três métodos e a concordância entre os dois métodos com aRT-PCR foi de 97%. A sensibilidade dos métodos de detecção de antigenos versus a RT-PCR foi de 83% ea especificidade de 100%. O valor preditivo positivo (VPP) foi de 100% e o valor preditivo negativo (VPN)foi de 97%. A amostra que resultou discordante apresentou um ciclo limiar (Ct) de 29,8. O método paradetecção de antígenos teve um desempenho aceitável, mesmo com resultados de sensibilidade superioresaos declarados pelos fabricantes (84% para o Veritor System e 93,3% para o Panbio).

Identificación de especies de Leishmania mediante PCR en tiempo real acoplada a curvas de fusión de alta resolución

RESUMEN Introducción: La leishmaniasis es una enfermedad causada por parásitos del género Leishmania. En Colombia se han informado 10 especies patógenas. El diagnóstico parasitológico tradicional basado en la observación de los parásitos no permite identificar la especie, por lo cual se deben emplear métodos moleculares, entre ellos la reacción en cadena de la polimerasa o PCR convencional, pero esta presenta algunas limitaciones y requiere extensos periodos de tiempo para la obtención de resultados, que en ocasiones no son concluyentes. Objetivo: Evaluar un método basado en PCR en tiempo real acoplado a curva de temperatura de desnaturalización media de alta resolución (PCR-HRM) que permita el diagnóstico y la identificación simultánea de parásitos del género Leishmania en muestras clínicas de humanos y en cultivos in vitro de manera sensible y específica. Métodos: Se estandarizó una PCR-HRM, mediante la cual se evaluaron 237 muestras clínicas, 98 clasificadas como positivas y 139 como negativas, parasitológicamente por directo y/o cultivo. Las tipificaciones fueron comparadas con los resultados en paralelo obtenidos de una variante de la PCR, realizando cortes al amplicon que generó un fragmento de restricción de longitud polimórfica o PCR-RFLP que había sido previamente estandarizada. Resultados: Se logró implementar una PCR-HRM para el diagnóstico e identificación de especies de Leishmania, logrando un 100 % de concordancia con las tipificaciones obtenidas por PCR-RFLP. Incluso, se logró detectar e identificar el parásito en muestras diagnosticadas como negativas por los métodos convencionales. Se encontró que con un porcentaje de confiabilidad superior al 95 %, se lograron tipificar 91 muestras de 98; de estas el 81,63 % de los casos fueron L. panamensis, el 11,22% L. braziliensis e indeterminadas el 7,14 % de los casos. Conclusiones: La PCR-HRM es un buen método que permite la identificación de las especies más prevalentes en Colombia, comparando temperaturas medias de desnaturalización específicas según la especie de Leishmania involucrada.

ABSTRACT Introduction: Leishmaniasis is a disease caused by parasites of the genus Leishmania. Ten pathogenic species have been reported in Colombia. Traditional parasite diagnosis based on observation of the parasites does not make it possible to identify the species. Therefore, it is necessary to use molecular methods, among them conventional polymerase chain reaction or PCR, but this test presents some limitations and requires long periods of time to obtain results which sometimes are not conclusive. Objective: Evaluate a method based on real time PCR coupled with high resolution mean denaturalization temperature curve analysis (HRM-PCR) for the diagnosis and simultaneous identification of parasites of the genus Leishmania in clinical samples from humans and in vitro cultures in a sensitive and specific manner. Methods: Standardization was performed of an HRM-PCR with which 237 clinical samples were evaluated, 98 classified as positive and 139 as negative, by direct parasitological examination and/or culture. The typing obtained was compared with parallel results from a PCR variant, making cuts on the amplicon that generated a restriction fragment length polymorphism or PCR-RFLP previously standardized. Results: An HRM-PCR could be implemented for the diagnosis and identification of Leishmania species, achieving 100% concordance with the typing obtained by PCR-RFLP. It was even possible to detect and identify the parasite in samples diagnosed as negative by conventional methods. Of the total 98 samples, 91 could be typed with a percentage of reliability above 95%. Of these, 81.63% of the cases were L. panamensis, 11.22% were L. braziliensis and 7.14 % were indeterminate. Conclusions: HRM-PCR is a good method to identify the species most prevalent in Colombia, comparing specific mean denaturalization temperatures according to the Leishmania species involved.

Auditoria de higiene en instalaciones de la industria textil frente al Covid-19 / Hygiene audit in textile industry facilities against Covid-19

Los trabajadores de la industria están expuestos a distintos tipos de riesgos, incluyendo la exposición laboral a agentes biológicos como virus, bacterias, hongos, parásitos, esporas o toxinas capaces de originar algún tipo de infección, enfermedad o toxicidad. Gran variedad de estos patógenos ha sido identificada sobre distintas superficies dentro de instalaciones de trabajo, persistiendo en algunos casos luego de las jornadas de limpieza habituales, e incluso sobreviviendo por largos períodos de tiempo. Los hallazgos preliminares indican que los procesos de higiene en dos industrias permitieron disminuir de manera estadísticamente significativa la presencia de E. Coli y Sars-Cov-2, en las superficies dentro de las instalaciones. Por el contrario, en una tercera industria se observó que los procesos de higiene y limpieza no lograron reducir eficazmente la presencia de los patógenos La auditoría de higiene en instalaciones de industrias textiles debe incluir la capacidad de hallar e identificar los peligros biológicos que aún estén presentes en superficies, una vez ejecutados los protocolos rutinarios de limpieza y desinfección establecidos por la organización. Para esta labor proponemos la práctica complementaria de tres procedimientos: la determinación microbiológica, mediante torundas o placas de contacto, la determinación visual con luz ultravioleta, para comprobar el grado de eficacia de la limpieza, y la determinación específica, consistente en la detección de ARN de virus SARS-CoV-2 (causante del COVID-19) en muestras ambientales de superficies por el método de PCR en tiempo real(AU)

Industrial workers are exposed to different types of risks, including occupational exposure to biological agents such as viruses, bacteria, fungi, parasites, spores or toxins capable of causing some type of infection, disease or toxicity. A great variety of these pathogens have been identified on different surfaces within work facilities, persisting in some cases after the usual cleaning days, and even surviving for long periods of time. Preliminary findings indicate that hygiene processes in two industries allowed a statistically significant decrease in the presence of E. Coli and Sars-Cov-2, on surfaces within the facilities. On the contrary, in a third industry it was observed that hygiene and cleaning processes failed to effectively reduce the presence of pathogens Hygiene audit in textile industry facilities should include the ability to find and identify biological hazards that are still present on surfaces, once the routine cleaning and disinfection protocols established by the organization have been executed. For this work, we propose the complementary practice of three procedures: microbiological determination, using swabs or contact plates, visual determination with ultraviolet light, to verify the degree of cleaning efficiency, and specific determination, consisting of RNA detection. of SARS-CoV-2 virus (causing COVID-19) in environmental samples of surfaces by the real-time PCR method(AU)

Evaluation of serum microRNA-30e-5p expression in systemic lupus erythematosus and its association with clinical manifestations: A cross-sectional study / Evaluación de la expresión del microARN-30e-5p sérico en el lupus eritematoso sistémico y su asociación con las manifestaciones clínicas: un estudio transversal

ABSTRACT Background: MicroRNAs (miRNAs) are non-coding RNAs that regulate gene expression post-transcriptionally. Accumulating evidence indicates that the miR-30 family takes part in the development of multiple tissues and organs, and is a potential contributor to various dis eases, including autoimmune disorders such as systemic lupus erythematosus (SLE). The aim of this study was to evaluate the expression of miR-30e-5p, a member of the miR-30 fam ily, and investigate its potential relationship to clinical characteristics and possible disease activity in an Egyptian SLE cohort. Methods: Serum samples from 40 SLE patients and 37 age and gender matched healthy sub jects were tested for miR-30e-5p expression level using the Taqman quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction. Analysis was performed using the 2 - AACT method. Results: The mean age of the patients was 28.7 ± 7.9 years, with a mean disease duration of 6.4 ±5.3 years. The median fold change in serum miR-30e-5p among our SLE cohort was significantly higher 1.748 (0.223-20.485) compared to the control group 0.877 (0.058-3.522) (P = 0.02). Receiver operating characteristic curve analysis revealed that miR-30e-5p expres sion level can discriminate SLE patients from controls at a cut-off value >1.06 with the area under the curve (AUC) = 0.676 (95% CI: 0.559-0.794, P = 0.02), with 64.3% sensitivity and 61.5% specificity. There was no correlation between any of the demographic features, clinical manifestations (apart from serositis, P = 0.013) or disease activity and miR-30e-5p levels. Conclusion: Our study demonstrated elevated miR-30e-5p expression levels in serum sam ples of SLE patients. Apart from serositis, it was not associated with any other disease characteristics.

RESUMEN Antecedentes: Los microARN (miRNA) son ARN no codificantes que regulan la expresión de los genes después de la transcripción. Las pruebas acumuladas indican que la familia de miR-30 participa en el desarrollo de múltiples tejidos y órganos, y es un posible contribuyente a diversas enfermedades, incluidos los trastornos autoinmunes como el lupus eritematoso sistémico (LES). El objetivo de este estudio fue evaluar la expresión del miR-30e-5p, un miembro de la familia miR-30, e investigar su posible relación con las características clínicas y la posible actividad de la enfermedad en una cohorte egipcia de LES. Métodos: Se analizaron muestras de suero de 40 pacientes con LES y 37 sujetos sanos de edad y sexo similares para determinar el nivel de expresión de miR-30e-5p, utilizando la reacción en cadena de la polimerasa de transcripción inversa cuantitativa Taqman. El análisis se llevó a cabo empleando el método 2-AACT. Los resultados: La edad media de los pacientes fue de 28,7 ± 7,9 años, mientras que la duración media de la enfermedad fue de 6,4 ± 5,3 años. La mediana del cambio de pliegue del suero miR-30e-5p entre nuestra cohorte de LES fue significativamente mayor, 1,748 (0,223-20,485), en comparación con el grupo de control, 0,877 (0,058-3,522) (p = 0,02). El análisis de la curva característica de funcionamiento del receptor reveló que el nivel de expresión del miR-30e-5p puede discriminar a los pacientes con LES de los controles en un valor de corte > 1,06, con el área bajo la curva (AUC) = 0,676 (IC del 95%: 0,559-0,794; p = 0,02), una sensibilidad del 64,3% y una especificidad del 61,5%. No hubo asociación entre ninguna de las características demográficas, manifestaciones clínicas (aparte de la serositis, p = 0,013) o actividad de la enfermedad y los niveles de miR-30e-5p. Conclusión: Nuestro estudio demostró niveles elevados de expresión de miR-30e-5p en mues tras de suero de pacientes con LES. Aparte de la serositis, no se asoció con ninguna otra característica de la enfermedad.

Validación de la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (qPCR) acoplada a curvas melting como herramienta alternativa para el diagnóstico de Tuberculosis Mutidrogorresistente / Validation of the real time polymerase chain reaction (qPCR) coupled to melting curves as an alternative tool for the diagnosis of Multi-Drug Resistant Tuberculosis

INTRODUCCIÓN: la tuberculosis es una enfermedad infecto-contagiosa, causada por diversas especies del Complejo Mycobacterium tuberculosis, actualmente se estima que un tercio de la población mundial se encuentra afectada por lo que representa una amenaza para la salud pública, principalmente por el surgimiento de cepas Multidrogorresistentes (TB-MDR). En Bolivia se reportaron 7.538 personas enfermas con Tuberculosis, los últimos datos sobre TB-MDR indican un aumento de 0,2% por año, en 2019 se registró un 3,1% de TB-MDR. Actualmente en nuestro país se emplean métodos moleculares para la identificación de este agente infeccioso; no obstante, existen muy pocos o ningún trabajo acerca de la aplicación de métodos moleculares para la detección precisa y efectiva de cepas TB-MDR que otorguen validez a los resultados emitidos. Este trabajo resuelve el cuestionamiento de, si la PCR en tiempo real (RT-qPCR) acoplada a curvas melting es una herramienta de diagnóstico alternativo aplicable, para la identificación de Tuberculosis Multidrogorresistente MATERIALES Y MÉTODOS: se trabajó con 74 cepas de Mycobaterium tuberculosis fenotípicamente identificadas por cultivo (método de las proporciones, Canetti Rist) como gold standar. El material genético para las pruebas moleculares se obtuvo por el método de columnas, se utilizaron dos controles primarios para la determinación de resistencia a los fármacos Isoniacida y Rifampicina, tanto los controles como las muestras se procesaron por RT-qPCR acoplada a curvas melting, mediante cambios de temperatura de disociación. RESULTADOS: los parámetros de test diagnóstico de la prueba demostraron sensibilidad: 67.4%, especificidad: 83.3%, Exactitud: 73.97%, VPP: 85.3%, VPN: 64.1% para Isoniacida. Mientras que para Rifampicina: Sensibilidad: 97%, especificidad: 20%, exactitud: 58.9%, VPP: 55.4% y VPN: 87.5%. CONCLUSIÓN: el método evaluado para la determinación de resistencia a Isoniacida presenta un equilibrio entre sensibilidad y especificidad, por lo que representa una alternativa diagnóstica confiable, mientras que para resistencia a Rifampicina presenta una alta sensibilidad que es muy útil para países endémicos como el nuestro.

INTRODUCTION: tuberculosis is an infectious-contagious disease, caused by various species of the Mycobacterium tuberculosis Complex, it is estimated that one third of the world population is affected by what represents a threat to public health, mainly by the emergence of multidrugresistant strains (MDR-TB). In Bolivia, 7,538 people are reported sick with Tuberculosis, the latest data on MDR-TB indicate an increase of 0.2% per year, in 2018 there was 3.1% of MDR-TB. Currently in our country molecular methods are used to identify this infectious agent; however, there is very little or no work on the application of molecular methods for the precise and effective detection of MDR-TB strains that give validity to the results issued. This work resolves the question of whether real-time PCR (RT-qPCR) coupled to melting curves is an applicable alternative diagnostic tool for the identification of multidrug-resistant tuberculosis MATERIALS AND METHODS: we worked with 74 strains of Mycobaterium tuberculosis phenotypically identified by culture (method of proportions, Canetti Rist) as a gold standar. The genetic material for molecular methods was obtained by the column assay, two primary controls were used for the determination of resistance to the drugs Isoniazid and Rifampicin, both the controls and the samples were processed by RT-qPCR coupled to melting curves, by means of temperature changes of dissociation. RESULTS: the diagnostic test parameters of the test demonstrated sensitivity: 67.4%, specificity: 83.3%, Accuracy: 73.97%, PPV: 85.3%, NPV: 64.1% for Isoniazid. While for Rifampicin: Sensitivity: 97%, Specificity: 20%, Accuracy: 58.9%, PPV: 55.4% and NPV: 87.5% CONCLUSION: the method evaluated for the determination of resistance to Isoniazid presents a balance between sensitivity and specificity, therefore it represents a reliable diagnostic alternative, while for resistance to Rifampicin it presents a high sensitivity that is very useful for endemic countries such as ours.

Evolución de las infecciones por Pneumocystis Jirovecii en el Hospital de Pediatría Juan P. Garrahan / Evolution of Pneumocystis Jirovecii infections at Hospital de Pediatría Juan P. Garrahan

Pneumocystis jirovecii es un hongo oportunista, causante de neumonía en huéspedes inmunocomprometidos. Es una infección grave con elevada tasa de mortalidad en pacientes oncohematológicos y receptores de trasplante de células progenitoras hematopoyéticas. La administración de corticosteroides es el principal factor de riesgo para adquirir esta infección. Actualmente las infecciones ocurren en aquellos pacientes que no reciben adecuada profilaxis. Las técnicas de diagnóstico molecular son las recomendadas por su elevada sensibilidad, especificidad y rapidez. La frecuencia global de P. jirovecii en pacientes inmunocomprometidos de nuestro hospital, durante el período evaluado fue de 4,8%, con una mortalidad global del 20%. Como factores de mal pronóstico se reportan la presencia de coinfecciones y la necesidad de asistencia respiratoria mecánica. Es importante la sospecha precoz en pacientes de riesgo, confirmada con un diagnóstico preciso mediante métodos moleculares para una intervención adecuada y oportuna (AU)

Pneumocystis jirovecii is an opportunistic fungus, causing pneumonia in immunocompromised hosts. It is a severe infection with a high mortality rate in oncology/hematology patients and hematopoietic stem cell transplant recipients. The administration of corticosteroids is the main risk factor for acquiring this infection. Currently infections occur in patients who do not receive adequate prophylaxis. Molecular diagnostic techniques are recommended because of their high sensitivity, specificity, and speed. In the study period, the overall incidence of P. jirovecii in immunocompromised patients at our hospital was 4.8%, with an overall mortality rate of 20%. Factors of a poor prognosis are the presence of coinfections and the need for mechanical respiratory assistance. Early suspicion in high-risk patients is important to confirm the diagnosis through molecular studies and start adequate and early treatment (AU)

Métodos diagnósticos para la infección por SARS-CoV-2 / Diagnostic methods for SARS-CoV-2 infection

En diciembre de 2019 se identificó el virus SARS-CoV-2, cuya rápida propagación global puso en estado de emergencia al mundo entero, llevando al ser humano a una situación sin antecedente cercano. El objetivo de esta revisión es describir los métodos diagnósticos utilizados actualmente para identificar la infección por SARS-CoV-2. Las manifestaciones clínicas y el espectro imagenológico de la enfermedad son muy inespecíficos y no permiten realizar un diagnóstico certero. Por esta razón, es esencial una apropiada toma de muestra respiratoria en el momento y sitio anatómico adecuado para un diagnóstico preciso de COVID-19. La técnica de muestreo más utilizada es el hisopado nasofaríngeo y la prueba diagnóstica más fiable se basa en la retrotranscripción seguida por reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-PCR). No obstante, existen otras técnicas moleculares, como también tests serológicos para detectar anticuerpos o fragmentos antigénicos del SARS-CoV-2. Más allá de la precisión diagnóstica, es importante tener en cuenta la probabilidad basal (pretest) para interpretar correctamente el resultado obtenido y aislar aquellos posibles falsos negativos. Con el objetivo de evitar la saturación del sistema de salud es imprescindible contar con información y métodos diagnósticos precisos para detectar tempranamente los focos de infección y reducir la transmisión comunitaria, utilizando eficazmente los diferentes recursos diagnósticos. (AU)

In December 2019, the SARS-CoV-2 virus was identified for the first time, whose rapid global spread put the entire world in a state of emergency, leading humans to an unprecedented situation with no immediate history. The main purpose of this review is to describe the diagnostic methods currently used to identify SARS-CoV-2 infection. The clinical manifestations and the imaging spectrum of the disease are nonspecific and do not allow an accurate diagnosis to be made. For this reason, an appropriate respiratory sampling at the right time and anatomical site is essential for an accurate diagnosis of COVID-19. The most widely used sampling technique is nasopharyngeal swab, and the most reliable diagnostic test is by reverse transcription followed by real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). However, there are other molecular techniques, as well as serological tests to detect antibodies or antigenic fragments of SARS-CoV-2. Beyond the diagnostic precision, it is important to take into account the baseline probability (pre-test) to correctly interpret the result obtained and isolate those possible false negatives. In order to avoid saturation of the health system, it is essential to have accurate information and diagnostic methods to detect outbreaks of infection in early stages and to reduce communitary transmission, making effective use of the various diagnostic resources. Coronavirus infections/diagnosis, viral/diagnosis, pandemics, clinical laboratory techniques, real-time polymerase chain reaction, antigens, viral/analysis. (AU)

The effect of Spirulina algae on the immune response of SPF chickens to commercial inactivated Newcastle vaccine in poultry / El efecto del alga Spirulina sobre la respuesta inmune de pollos SPF inducida por la vacuna inactivada comercial contra la enfermedad de Newcastle

The objective of this study was to investigate the effects of Spirulina platensis (SP) powder supplementation on immune response in SPF chickens. For this purpose, 120 SPF chicks were randomly clustered into six groups consisting of 20 birds each which assigned to five groups vaccinated by commercial inactivated Newcastle disease (ND) vaccine at 21 days of age. The four groups were supplemented with 0.5, 1, 1.5 and 2 g of SP per kg of ration at 7 day of age and other group as control treatment group. Control unvaccinated group still without any treatment. Individual blood samples were collected weekly from all groups, and NDV-HI antibodies were measured using Hemagglutination inhibition (HI) test. After 28 days post-vaccination, ten birds from all groups were challenged intramuscularly at a dose 0.5 mL/bird containing 106 EID50 of local NDV genotype VII. Challenge virus shedding was detected using real time qrt-PCR of oropharyngeal swabs that were collected from all challenged chicken groups of at 3, 5, 7 and 10 days post challenge. Obtained results showed that vaccinated groups of SPF-chickens either supplied with Spirulina or control treatment group induced positive serological response as NDV-HI antibody were measured in sera of immunized chicks (7.6, 8, 8.3, 8.9 and 7.4 log2, respectively) at 4 weeks post vaccination (WPV). Significant differences were observed at 2 WPV in the vaccinated SPF chickens consumed 1, 1.5 and 2 g of SP/kg of ration, compared to untreated vaccinated group (p<0.05). Immunized SPF chickens supplied with different SP concentration confer satisfactory protection against heterologous challenge virus (90 percent, 100 percent, 100 percent and 100 percent respectively), in contrast to untreated vaccinated chickens. Different percentages of reduction of viral shedding (55 percent, 65 percent, 76 percent and 87 percent) of treated vaccinated chickens with different concentration of SP were detected, despite untreated group were reduced 46 percent from total viral shedding. These findings suggest that dietary Spirulina has immune-stimulatory effects on the immune system of SPF chickens. One gram from SP per kg of ration was minimum recommended concentration that able to exhibit optimum immune response, increase protection against heterologous strains and able to reduce viral shedding(AU)

El objetivo de este estudio fue investigar los efectos de la suplementación con polvo de Spirulina platensis (SP) sobre la respuesta inmune en pollos SPF. Para este propósito se agruparon al azar 120 polluelos SPF en seis grupos de 20 aves cada uno, que se asignaron a cinco grupos vacunados con la vacuna comercial inactivada contra la enfermedad de Newcastle (ND) a los 21 días de edad. Cuatro grupos se suplementaron con 0,5; 1; 1,5 y 2 g de SP por kg de ración a los 7 días de edad, un grupo vacunado sin suplemento y un grupo sin ningún tratamiento. Semanalmente, se recogieron muestras de sangre individuales de todos los grupos y se midieron los anticuerpos hemaglutinantes contra el virus Newcastle (NDV-HI) mediante la prueba de inhibición de la hemaglutinación (HI). 28 días después de la vacunación, fueron retadas diez aves de cada grupo por vía intramuscular a una dosis 106 EID50 del genotipo VII del NDV local en un volumen de 0,5 mL/ave. Se detectó la eliminación del virus mediante qrt-PCR en hisopos orofaríngeos que se recolectaron en todos los grupos a los 3, 5, 7 y 10 días después del reto. Los resultados obtenidos mostraron que los grupos vacunados de pollos y suplementados con Espirulina y el grupo de control vacunado, indujeron una respuesta serológica positiva cuando se determinaron los anticuerpos NDV-HI en los pollitos inmunizados (7,6; 8; 8,3; 8,9 y 7,4 log2 respectivamente) a las 4 semanas después de la vacunación (SPV). Se observaron diferencias significativas a las 2 SPV en los pollos vacunados que consumieron 1, 1,5 y 2 g de SP/kg de ración, en comparación con el grupo vacunado no tratado (p<0,05). Los pollos inmunizados que recibieron diferentes concentraciones de SP mostraron una protección satisfactoria contra el desafío heterólogo viral (90 por ciento, 100 por ciento y 100 por ciento respectivamente), en contraste con los pollos vacunados no tratados. Se observaron diferentes porcentajes de reducción de la diseminación viral (55 por ciento, 76 por ciento y 87 por ciento) entre los pollos vacunados tratados con diferente concentración de SP. En el grupo no tratado se redujo al 46 por ciento. Estos hallazgos sugieren que la Espirulina en la dieta tiene efectos inmunoestimuladores sobre el sistema inmunitario de los pollos. Un gramo de SP por kg de ración fue la concentración mínima recomendada para una respuesta inmune óptima, y de esta forma aumentar la protección contra las cepas heterólogas y disminuir la diseminación viral(AU)

Infección por citomegalovirus humano en neonatos de un hospital público de Mérida, Yucatán / Human cytomegalovirus infection in neonates from a public hospital in Mérida, Yucatán

Resumen Introducción: El citomegalovirus humano es reconocido como la causa más común de infección viral congénita, la cual puede darse como resultado de infección primaria, reinfección o reactivación en la mujer embarazada; además, puede ocasionar retraso en el desarrollo neuronal y pérdida auditiva sensoneural en el neonato. Objetivo: Identificar la infección por citomegalovirus humano en neonatos por PCR en tiempo real (PCR-TR) y cultivo celular. Método: Estudio observacional, longitudinal y retrospectivo con muestras de hisopado oral provenientes de 362 neonatos nacidos en un periodo de 10 meses en un hospital público de Mérida, Yucatán. Se realizó PCR-TR para la detección de citomegalovirus humano. Se obtuvo cultivo celular primario de fibroblastos a partir de tejido de prepucio humano para recuperar el virus. Se siguieron solo los casos positivos. Resultados: Se encontró 0.86 % de infección por citomegalovirus humano por PCR-TR. No se recuperó el virus en cultivo. En las visitas de seguimiento, la salud sensorial y el neurodesarrollo fueron adecuados. Conclusión: La prevalencia de infección por citomegalovirus humano en neonatos fue similar a la de reportes mundiales y solo pudo evidenciarse por PCR. La infección asintomática detectada entre las 12 a 24 horas del nacimiento no tuvo consecuencias a largo plazo.

Abstract Introduction: Human cytomegalovirus (HCMV) is recognized as the most common cause of congenital viral infection, which can occur as a result of primary infection, reinfection or infection reactivation in the pregnant woman and be the cause of delay in neuronal development and sensorineural hearing loss in the neonate. Objective: To identify CMVH infection in newborns by real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) and cell culture. Method: Observational, cross-sectional, retrospective study with oral swab samples from 362 neonates born within a 10-month period in a public hospital of Mérida, Yucatán. RT-PCR was carried out for the detection of HCMV. Fibroblast primary cell culture was obtained from human foreskin tissue to isolate the virus. Only positive cases were followed. Results: A prevalence of HCMV infection of 0.86 % was found by RT-PCR. No virus was isolated with cell culture. In the follow-up visits, sensory health and neurodevelopment were adequate. Conclusion: The prevalence of HCMV infection is similar to that of worldwide reports, and only was detected by RT-PCR. Asymptomatic infection detected 12-14 h after birth had no long-term health consequences.

Detección del virus Epstein Barr en escolares adolescentes en la ciudad de Cali, Colombia / Detection of epstein barr virus in adolescent students in the city of cali, colombia

Objetivo: Detectar el virus Epstein-Barr en estudiantes de secundaria entre los 14 y 17 años de la ciudad de Cali, Colombia y su posible asociación con la edad, sexo y grado escolar. Métodos: Estudio retrospectivo de corte transversal en donde se analizaron 374 muestras de saliva, tomadas entre el año 2015 y 2016, mediante PCR convencional y PCR en Tiempo real. Se evalúo la asociación entre la detección del ADN viral y las características demográficas, además de un análisis de razón de oportunidades para evaluar la medida de la asociación. Resultados: El ADN viral fue detectado en el 45% (167/374) de las muestras orales, encontrándose una presencia viral mayor en los escolares de los grados octavo y noveno (p=0,004); en donde los estudiantes de 14 años presentaron un riesgo de 2,4 veces mayor para la detección del virus (IC 95%:1,12-4,9) en comparación con los estudias de más edad. Conclusión: En el presente estudio se evidencio la exposición del VEB en la cavidad oral de estudiantes de secundaria, lo cual hace necesario que se tomen acciones de vigilancia que permitan monitorear las implicaciones de estos hallazgos en la salud de los escolares.

Objective: To detect the Epstein Barr virus in adolescent students between 14 and 17 years old in the city of Cali, Colombia and its possible association with age, gender and school grade. Methods: Retrospective cross-sectional study where 374 mouthwash samples collected between the years 2015 and 2016 was analyzed through conventional and real-time PCR. Association between viral DNA detection and sociodemographic characteristics were evaluated. The odds ratio analysis was used to assess the extent of this association. Results: The viral DNA was present in 45% (167/374) of the samples, with a higher DNA detection in the students of eighth and ninth grades (p=0.004); where the 14 years old students present a 2.4 times higher risk of detecting the virus (IC 95%: 1,12-4.9) in comparison with older students. Conclusion: In the present study, the Epstein Barr virus exposition in the oral cavity was evidenced, which make necessary to take actions on surveillance that allow monitoring the implications of these fndings in the teenage student's health.

Brotes emergentes de leptospirosis del Amazonas colombiano / Emerging leptospirosis outbreaks in the Colombian Department of Amazonas

Se describe por primera vez una serie de nueve casos con clínica indicativa de leptospirosis en el municipio Puerto Nariño en el departamento Amazonas, Colombia. Se muestran evidencias serológicas de exposición con Rickettsia del grupo de las fiebres manchadas. Los casos fueron clínicamente considerados como síndrome febril de origen desconocido. Se descartó infección por dengue y malaria. El diagnóstico de Leptospira se realizó mediante el método de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real. Igualmente, se detectó la presencia de anticuerpos contra rickettsias del grupo de las fiebres manchadas por inmunofluorescencia Indirecta. Finalmente, se realiza revisión del tema(AU)

A description is provided for the first time of a series of nine cases with a clinical examination suggestive of leptospirosis in the municipality of Puerto Nariño, Department of Amazonas, Colombia. Serological evidence is presented of exposure to Rickettsia, spotted fever group. The cases were clinically considered as febrile syndrome of unknown origin. Infection with dengue or malaria was ruled out. Diagnosis of leptospirosis was achieved by real-time polymerase chain reaction. Additionally, indirect immunofluorescence detected the presence of antibodies against rickettsia, spotted fever group. Finally, a review was conducted about the topic(AU)

Estandarizacion de la PCR en tiempo real por análisis de curvas melting para la detección de tuberculosis drogoresistente / Standardization of real-time PCR by analysis of fusion curves for the detection of drug-resistant tuberculosis

La tuberculosis es una enfermedad infecto-contagiosa, causada por diversas especies del Complejo Mycobacterium tuberculosis, actualmente se estima que un tercio de la población mundial se encuentra afectada por lo que representa una amenaza para la salud pública, principalmente por el surgimiento de cepas Multidrogorresistentes (MDR-TB) que presentan resistencia a Rifampicina e Isoniacida simultáneamente, fármacos de primera línea para el tratamiento de esta enfermedad. En la actualidad se emplean métodos moleculares para la detección de este agente infeccioso, en nuestro medio existen muy pocos o ningún trabajo acerca de la aplicación de métodos moleculares para la detección precisa y efectiva de cepas MDR-TB, es decir que además de identificar su presencia pueda darse un perfil de resistencia por lo menos a fármacos de primera línea. En este trabajo se estandarizó la técnica PCR en Tiempo Real por Análisis de Curvas Melting para la detección mutaciones en genes específicos que otorgan resistencia a estos antituberculosos utilizando un kit comercial. Se utilizaron once cepas de Mycobaterium tuberculosis fenotípicamente identificadas por cultivo y cuatro controles primarios del método para la determinación de resistencia Isoniacida y Rifampicina mediante cambios de temperatura de disociación. Los resultados de esta estandarización reflejaron que el método utilizado puede ser optimizado en rendimiento de reactivos y tiene una concordancia mayor al 80 % en el caso de Rifampicina, y más de 90% en el caso de Isoniacida en comparación con los datos fenotípicos. El método estandarizado disminuye el tiempo de detección de tuberculosis y permite obtener perfiles de resistencia a los principales antituberculosos de primera línea.

Tuberculosis is an infectious-contagious disease, caused by several species of the Mycobacterium tuberculosis complex, today it is estimated that one third of the world population representing a threat to public health, mainly by the emergence Multidrug-resistant strains (MDR-TB) that express resistance to Rifampicin and Isoniazid simultaneously. Although currently molecular methods are used for the detection of this infectious agent, in our medium there are no studies about the application of molecular methods for the accurate and effective detection of MDR-TB strains. The present study intends to standardize the Real Time PCR technique by Melting Curves Analysis for the detection of mutations in specific genes that cause resistance to these antituberculosis drugs. Eleven strains of Mycobaterium tuberculosis phenotypically identified by culture and primary controls of the method for the determination of resistance Isoniacida and Rifampicina by changes of temperature of dissociation were used. The results of this standardization showed that the method used can be optimized in reagent performance and correlates more than 80% with phenotypic results. The standardized method improves the time detection of tuberculosis and allows to obtain resistance profiles to the main first-line antituberculosis drugs.

Optimización y validación de un método de PCR en tiempo real para el diagnóstico de Pneumocystis jirovecii en muestras respiratorias de pacientes pediátricos / Optimization and validation of a real-time PCR method for the diagnosis of Pneumocystis jirovecii in respiratory samples of pediatric patients

Pneumocystis jirovecii (PCP) es un hongo oportunista, que causa neumonía en pacientes con un sistema inmunitario seriamente comprometido. La prevalencia de la enfermedad disminuyó dramáticamente con la introducción de la terapia antirretroviral combinada (HAART) y actualmente las infecciones ocurren en aquellos pacientes que no reciben adecuada profilaxis o no la completan. Es una enfermedad grave con elevada tasa de mortalidad (30-60%) en pacientes oncohematológicos y receptores de trasplante de células progenitoras hematopoyéticas (HSCT), pero prevenible con profilaxis adecuada, por lo que el reconocimiento temprano de los pacientes en riesgo es crítico. El diagnóstico de certeza es de laboratorio ya que los hallazgos clínicos son inespecíficos y las imágenes no son patognomónicas de este agente. Actualmente las técnicas moleculares como la PCR en tiempo real son las metodologías recomendadas ya que poseen elevada sensibilidad, especificidad, rapidez y eficiencia. En el presente estudio se optimizó un método de PCR en tiempo real con iniciadores dirigidos al gen del ARNr de la subunidad grande mitocondrial, en formato dúplex junto con el gen constitutivo RNAsa P. El método demostró ser muy sensible y rápido para el diagnóstico clínico de PCP, con una concordancia қ: 0,789 con el método convencional de PCR anidada que emplea como target a la región espaciadora transcrita interna (ITS) del gen del ARNr de PCP, a la vez de ser mucho menos laborioso y con menor riesgo de contaminación, lo que permite el manejo de un alto número de muestras clínicas (AU)

Pneumocystis jirovecii (PCP) is an opportunistic fungus causing pneumonia in severely immunocompromised patients. Prevalence of the disease has dramatically decreased after the introduction of combined antiretroviral therapy (HAART) and currently these infections occur in patients who do not receive adequate prophylaxis or do not complete treatment. PCP is a severe disease with a high mortality rate (30-60%) in oncology-hematology patients and hematopoietic stem-cell transplantation (HSCT) recipients, but is preventable with adequate prophylaxis. Therefore, early recognition of at-risk patients is essential. Laboratory studies are the gold standard for the diagnosis as clinical findings are unspecific and imaging studies are not pathognomonic for this agent. Currently, molecular techniques, such as real-time PCR, are the methodology of choice because of their high sensitivity, specificity, speed, and efficiency. In this study, a real-time PCR method was optimized with primers targeting the gene of the mitochondrial large subunit rRNA in a duplex format together with the constitutive gene RNAsa P. The method showed to be very sensitive and fast for the clinical diagnosis of PCP, with a concordance of қ: 0.789 with the conventional nested PCR method targeting the internal transcribed spacer (ITS) region of the rRNA gene of PCP, and is much easier to perform with a lower contamination risk allowing a high through-put of clinical samples (AU)

Evaluación de una técnica de PCR en tiempo real para determinar colonización por Streptococcusagalactiae en mujeres gestantes de Medellín que consultan en Dinamica IPS / Evaluation of a real-time PCR technique to determine colonization by Streptococcus agalactiae in pregnant women of Medellín who consult in Dinamica IPS

Objetivo: Evaluar una técnica de PCR en tiempo real para determinar colonización por Streptococcus agalactiae en mujeres gestantes de Medellín. Materiales Y Métodos: Se realizó un estudio descriptivo prospectivo, en 150 mujeres gestantes, seleccionadas de forma aleatoria, en una IPS en el periodo comprendido entre Enero-Julio 2016. Criterio de inclusión: Ser gestante entre la semana 35-37, declaración voluntaria de participación en el estudio y de exclusión el uso de antibióticos. A las pacientes, se les tomó muestra con hisopo de lintroito vaginal y de la región anal. Las muestras se procesaron para qPCR, cultivo en caldo selectivo con posterior siembra en agar sangre de carnero y medio cromogénico para S. agalactiae STRB (ChromIDTMStrepto,BioMérieuxSA.). Resultados: La prevalencia de colonización por S. agalactiae en las gestantes fue de 20,9% y 22,3% en agar sangre y agar cromogénico STRB respectivamente, mientras que mediante PCR en tiempo real la prevalencia fue de 36%. Al comparar la qPCR con la prueba de oro se encontró: sensibilidad 79,31% (ICdel95%:0,61-0,90), especificidad 75,45% (IC del 95%: 0,66-0,82), valor predictivo positivo 46% (IC del 95%:0,32-0,59) y negativo 93,2% (IC del 95%: 0,86-0,96). Discusión: Elempleo de la qPCR permitió aumentar la sensibilidad y la oportunidad diagnostica (Eltiempo requerido empleando elcultivo fue de 24-48 Horas y por qPCR 6 horas) ,impactando la reducción de riesgos de transmisión neonata lde S.agalactiae, lo cualpodría representar una Disminución en días de estancia y costos hospitalarios por una infección prevenible.

Materials and Methods: A prospective and descriptive study was conducted in 150 pregnant women, randomly selected, at an IPS between January and July 2016. Inclusion criteria: gestation period week 35-37, voluntary declaration of participation in the study. Exclusion criteria: the use of antibiotics. Samples were taken from the vaginal introitus and the anal region using a hyssop and processed for qPCR as well as the gold standard test [selective broth culture with subsequent culture in blood agar and chromogenic medium for S. agalactiae STRB (ChromIDTMStrepto, BioMérieux SA)]. Results: The prevalence of colonization by S. agalactiae in pregnant women was 20.9% and 22.3% in blood agar and chromogenic agar STRB respectively, where as using qPCR the prevalence was 36.0%. The time required using the culture was 24-48h compared to 6h for qPCR. Our data comparing qPCR with the gold standard test showed: sensitivity 79.31% (95% CI: 0.61-0.90), specificity 75.45% (95% CI: 0.66-0.82), positive predictive value 46.0% (95% CI: 0.32-0.59) and negative 93.2%(95% CI: 0.86-0.96). Discussion: The use of the qPCR increased the sensitivity and the diagnostic opportunity (4x to 8x faster using qPCR), which can lead to a decrease in the risk of neonatal transmission of S. agalactiae and result in a reduction in the length of hospital stay and costs induced by a preventable infection.

Frecuencia del HLA-B*27:: algunas consideraciones sobre su uso como herramienta diagnóstica / Frecueny of HLA-B*27­: some reflexions aboutit use as a diagnostic tool

La detección por métodos moleculares del alelo HLA-B*27 se ha convertido en los últimos años en Cuba, en una herramienta que apoya el diagnóstico de enfermedades conocidas, de manera general, como espondiloartropatías (SpA). Con el objetivo de determinar el porcentaje de positividad del alelo en individuos con sospecha clínica de SpA y uveitis, se estudiaron muestras de ADN pertenecientes a 236 pacientes caracterizados en género, edad y color de la piel. Para la genotipificación se utilizó el PCR en tiempo real con el estuche comercial LightMix HLA-B*27 SimpleProbe (TIBMOLBIOL). El 42,7% de los casos fueron mayores de 40 años, con un promedio de edad de 39 años y una relación de masculino - femenino de 0,84; sin embargo, los pacientes que debutan con enfermedades relacionadas con el HLA-B*27 deberían ser fundamentalmente varones entre la segunda y tercera década de vida. De las muestras estudiadas solamente 51 (21,6%) resultaron positivas para el alelo en cuestión. Sin embargo, según el tipo de enfermedad, la frecuencia del gen debería encontrarse entre el 36,0 y el 90,0%. Solo se encontraron diferencias estadísticamente significativas en las comparaciones por géneros. El 18,0% de las indicaciones no contaban con impresión diagnóstica y estos casos presentaron la positividad más baja. Los presentes resultados evidencian que las solicitudes de HLA-B*27 que se generan en el sistema de salud cubano no siguen criterios uniformes de sospecha clínica de las SpA y uveítis; y que en las peticiones de exámenes no se incluyen los datos necesarios que permitan una correcta interpretación de esta prueba inmunogenética.

The detection by molecular methods of the HLA-B*27 allele has become in recent years in Cuba in a tool that supports the diagnosis of some diseases generally known as spondyloarthropathies (SpA).In order to determine the percentage of the gene positivity in individuals with clinical suspicion of SpA and uveitis, we studied 236 DNA samples characterized in gender, age and skin color, of patients with HLA-B*27 indication.The genotyping was performed by Real Time - PCR with the LightMix HLA-B*27 SimpleProbe kit (TIBMOLBIOL). The 42.7% of the cases were older than 40 years, with a mean of 39 years old and a male - female ratio of 0.84; however, patients debuting with HLA-B*27-related diseases should be predominantly males between the second and third decade of life. Our results showed that 188 (78.4%) were negative and only 51 (21.6%) were positive however, according to the type of pathology, the frequency of this gene should be between 36.0% and 90.0%.The statistical differences were only associate to gender but not in the groups of different skin color and presumptive diagnosis. The 18.0% of the laboratory test request forms had no diagnostic impression and these cases had the lowest positivity rates. The present results show that the requests for HLA-B*27 generated in the Cuban health system do not follow uniform criteria of clinical suspicion of SpA and uveitis; and that request forms do not include the necessary data to allow a correct interpretation of this immunogenetic test.

Optimización de un método de PCR en tiempo real para el diagnóstico de infecciones por Mycoplasma pneumoniae / Optimization of a real-time PCR method for the diagnosis of Mycoplasma pneumoniae infections

A Mycoplasma pneumoniae se lo ha descrito como causante de diversas patologías, pero la más frecuente es la neumonía de la comunidad, en la que puede asociarse a otros patógenos. Afecta pincipalmente a niños de edad escolar y adultos jóvenes, aunque en las últimas décadas es frecuente hallarlo también en niños menores de 5 años. El daño celular ocurre sobre el epitelio de bronquios y bronquiolos por acumulación de peróxido de hidrógeno y radicales superóxido producidos durante su metabolismo celular. Recientemente se ha reportado que en estos eventos patogénicos también participa una citotoxina conocida como CARDS toxin (community-acquired respiratory distress syndrome) que la bacteria expresa como factor de virulencia, ya que induce una importante respuesta inflamatoria celular. Los métodos moleculares son más sensibles y rápidos que los métodos de diagnóstico tradicionales y se consideran de elección. No obstante, para lograr un diagnóstico óptimo, se aconseja la combinación de estos métodos junto con los serológicos. En el presente estudio se optimiza un método de PCR en tiempo real con iniciadores dirigidos a la región del gen que codifica la CARDS toxin. El método demostró ser muy sensible y rápido para el diagnóstico clínico de M. pneumoniae, con una concordancia қ: 0,95 con el método convencional de PCR anidada que emplea como target al gen que codifica para la citoadhesina P1. A su vez es mucho menos laborioso e implica un menor riesgo de contaminación, lo que permite el manejo de un alto número de muestras clínicas (AU)

Mycoplasma pneumoniae has been described as the cause of different infections, the most common of which is communityacquired pneumonia, possibly associated with other pathogens. Community-acquired pneumonia mainly affects school-age children and young adults, although over the past decades the disease has also been found in children under 5 years of age. Cell damage occurs on the epithelium of the bronchi and bronchioles due to accumulation of hydrogenous peroxide and superoxide radicals produced during cell metabolism. Recently, it has been reported that in these pathogenic events a cytotoxin known as CARDS toxin (community-acquired respiratory distress syndrome) participates, expressed by the bacteria as a factor of virulence, as it induces an important inflammatory cell response. The molecular methods are more sensitive and faster than the traditional diagnostic methods, and are considered the methods of choice; however, for an optimal diagnosis, a combination of these methods together with serological studies is recommended. In the current study, a real-time PCR method with markers targeted to the region of the gene encoding the CARDS toxin was optimized. The method showed to be very sensitive and fast for the clinical diagnosis of M. pneumoniae, with a қ agreement of 0.95 with the conventional nested PCR method that uses the gene encoding cytoadhesin P1 as a target. Additionally, the new method is much easier with a lower risk of contamination, which allows management of a large number of clinical samples (AU)